وی علوم مقدماتی را در مدارس تبریز خواند. حدود 9 ماه در مشهد توقف کرد و سپس به تبریز بازگشت. در این مدت مادرش از دنیا رفته بود. گفته می شود در این زمان شاهراه (جاده تهران به مشهد) نا امن بود و راهزن های منطقه استر آباد مدام در تاخت و تاز به این جاده بودند.
سید جواد به بادکوبه رفت و از طریق بحر خزر راهی عشق آباد شد و از آن صوب به خراسان رسید. وی در مشهد نزد آقایان حاج سید حسن قمی، میرزا محمد آیت الله زاده خراسانی، حاج فاضل خراسانی و میرزا مهدی اصفهانی تلمذ کرد.

سید جواد در سال 1345 ق و در نخستین سال از سلطنت رضا شاه، راه نجف اشرف را پیش گرفت تا اندوخته های خود را کامل کند. پس از 6 سال در بازگشت به ایران راه به سوی نجف گشود. در آستانه چهارمین دهه زندگی خود بود که با ضایعه مرگ همسر که سه فرزند دختر از او به یادگار داشت رو به رو شد.






آیت الله سید جواد خامنه ای در مشهد به عنوان یک مجتهد  و عالمی صاحب نظر به تشکیل حوزه تدریس اقدام نکرد. وی شاگردان خصوصی و گاه موقت داشت که غیر از فرزندان، می توان از حاج میرزا نصرالله شبستری از روحانیون تبریز و حاج میرزا حسین زاده عبایی از علمای مشهد یاد کرد. و نمار صبح را با اندکی تاخیر و نیز تانی می خواند از این رو مامومین خاص داشت. وی مقید به تشرف به حرم رضوی و زیارت امام رضا (ع) بود. این آداب حتی هنگامی که مبتلا به بیماری چشم شد و مدتی دچار نابینایی گردید، با کمک پسرانش ادامه داشت. معالجات بعدی توانست یک چشم او را بینا نگه دارد.

وی بسیار ساده زیست، قانع و زاهد بود و دلبستگی دنیوی نداشت. به نظر می رسد تن دادن به این نوع زندگی، نه از سر اجبار بلکه یک انتخاب بود و چون همسر او نیز به این گزینش زندگی احترام می گذاشت.

آیت الله سید جواد خامنه ای را نمی توان مرد سیاست و مبارزه به مفهومی که امروز تصور می شود نامید. وی پا به این عرصه نگذاشت و ادعای آن را هم بر زبان نراند. ایشان امام خمینی را از نزدیک دیده و با ایشان آشنا شده بود.؛ بلکه می توان گفت او با حاج آقا روح الله رفاقت داشت. آشنایی آنها احتمالا به اوایل دهه چهل قمری، یعنی پیش از سفر علمی حاج سید جواد به نجف می رسد. آقای خمینی در یکی از سفرهای زیارتی خود به مشهد، میهمان حاج شیخ علی اکبر نوغانی بود. آقای نوغانی مقدمات دیدار آنها را فراهم کرد و حاج سید جواد به همراه حاج سید هاشم، پدر زن خود به دیدار حاج آقا روح الله رفتند. جدابیت منش و متانت و سلوک امام خمینی همواره در یاد و ضمیر حاج سید جواد باقی بود و از آن یاد می کرد.

با آغاز نهضت امام خمینی و ورود پسران حاج سید جواد به صحنه مبارزه با حکومت پهلوی، خانواده خامنه ای در مشهد تحت مراقبت و گاه فشار قرار گرفت. گاه سه پسر او پشت میله ها به سر می بردند. در نیمه دهه چهل رفت و آمد اجباری سید علی خامنه ای به شهربانی و ساواک فزونی گرفت. از این رو از دی ماه سال 1345 ش ساواک به دنبال تهیه "بیوگرافی ملصق به عکس" آیت الله سید جواد خامنه ای بود و از شهربانی خراسان خواست تا این کار را انجام دهد. مامور شهربانی پس از مراجعه به حاج سید جواد دست او را بوسیده و از او می خواهد با دو قطعه عکس به اطلاعات شهربانی بیاید. اما پاسخی که دریافت می کند این است: مرا با شهربانی کاری نیست، من با شهربانی سر و کاری ندارم.

این درخواست ساواک تا حدود 4 سال بعد به تعویق افتاد تا این که حاج سید جواد تهدید شد "در صورتی که از تنظیم بیوگرافی و تسلیم عکس خودداری کند قهرا برای وی عواقب ناراحت کننده ای دارد" تهدید ها موثر افتاد و آیت الله سید جواد خامنه ای با بی حوصلگی به 19 سوال از 22 سوال برگه مشخصات در حد یک، دو یا سه کلمه پاسخ داد.
نزدیکان حاج سید جواد درباره او گفته اند که وی بسیار مطالعه می کرد. موضوع کتاب های مورد علاقه او فقه، اصول، حدیث، تفسیر، رجال، سپس کتابهای تاریخی و دیگر موارد بود. وی خلق و خوی و سلوک مدرسه ای داشت. این ویژگی چه بسا از تاثیرات دوران تحصیل طولانی و تنهایی در حجره ها نشات می گرفت.




او پیکری لاغر اما سالم داشت. کم غذا می خورد. بسیار قناعت پیشه بود و گذر زمان نیز کیفیت معیشت او را دچار دگرگونی نکرد. آیت الله سید محمد علی قاضی طباطبایی وقتی در سال 1351 ش به مشهد رفت، هنگام ملاقات با آیت الله سید جواد خامنه ای خطاب به فرزندان وی گفت: "من 40 سال قبل همراه پدرم از تبریز به مشهد آمدم و برای دیدن آقا، سری به ایشان زدم. آقا در 40 سال پیش همان جای نشسته بود که الان نشسته و من همان جایی نشستم که پدرم نشسته بود و این اتاق و این خانه کمترین تغییری نکرده است.
آیت الله سید جواد خامنه ای از بانو خدیجه میر دامادی دارای چهار پسر و یک دختر شد. سید محمد، سید علی، بدر السادات، سید هادی و سید محمد حسن. او پس از 93 سال زندگی در 14 تیر 1365 درگذشت و در توحید خانه " رواق پشت سر مرقد امام رضا "ع" رخ در نقاب خاک کشید.

بانو؛ مادر خدیجه میردامادی

بانو خدیجه میردامادی تنها فرزند آیت الله سید هاشم نجف آبادی  از همسر اول بود.وی در 16 اردیبهشت 1293 در نجف اشرف به دنیا آمد. مادرش بی بی سکینه زود از دنیا رفت و این کودک در آستان فقدان محبت مادر  از چشمه مهر مادر بزرگ سیراب شد. به احتمال زیاد خدیجه خانم در 15 سال نخست زندگی از محضر علمی پدر بهره برده و غیر از سواد معمول با برخی متون نیز آشنایی یافت.

وی همراه پدر به ایران مهاجرت کرد و در 20 سالگی به عقد سید جواد خامنه ای در آمد. او زبان عربی و فارسی را به موالات هم آموخته بود و رفته رفته زبان ترکی را نیز فرا گرفت. اندوخته علمی بانو خدیجه با مطالعات در تفاسیر قرآن و کتب تاریخی چون "روضه الصفا" به جایی رسید که زندگی انبیا معصوم و شخصیت های قرآن را در قالب داستان ها و روایت های شنیدنی برای فرزندانش باز می گفت.
بانو خدیجه با دعا و مستحبات مانوس بود از اعمالی چون ام داوود، ادعیه ای مانند عرفه و نماز هایی چون جعفر طیار غفلت نمی ورزید. او فرزندان خود را نیز در این مناسک شریک می کرد.  ایشان قرآن را با صدایی خوش تلاوت می کرد، به ویژه در دوران جوانی گوش فرزندانش را از این نوا حظ می برد.

بانو خدیجه در گفتار و رفتار عوام گریز بود. حشر و نشری گزیده داشت و ترجیح می داد با زنانی نشست و برخاست کند که شبیه او باشند. فرزندانش در وصف او می گویند که زنی خوش سخن، سنجیده گو، حافظ آیاتی از قران، صریح الهجه،  بسیار تاثیر گذار در تربیت و بالندگی فرزندان بود. او به دیوان حافظ تسلط داشت  و ضمیر خود و کودکانش را با اشعار خواجه صیقل می داد. خدیجه جوان وقتی به خانه سید جواد خامنه ای آمد، در میان جهیزیه خود یک دیوان حافظ چاپ بمبئی آورد.

بانو خدیجه زنی شجاع بود و این خصلت در همه امور زندگی او نمود داشت. این ویژگی در زمان مبارزه پسرانش با حکومت پهلوی بارها چه در برخورد با ماموران و چه در ملاقات با پسران زندانی اش بروز داشت. خانم میر دامادی وقتی برای ملاقات پسرانش به زندان می رفت، مادرانه حرف نمی زد و از رنجی که می کشید واگویه نمی کرد. او در قبال پدیده های سیاسی منشی روشن بینانه داشت.
زمانی که پسرش سید علی خامنه ای مباحثی را در سخنرانی های خود آغاز کرد که طرفداران زیادی از جوانان، روشنفکران و دیگر طبقات مردم پیدا نمود، بانو خدیجه به پای سخنان پسر می نشست و با چشم قبول به آن می نگریست.
خانم میر دامادی چندین بار به عتبات سفر کرد گه همگی آنها پیش از کودتای 1337 ش عبدالکریم قاسم بود.در آخرین سفر (1336ش) سید علی و سید محمد حسن نیز همراه او بودند. ایشان مرجع برخی از زنان محل یا شهر بود. برای حل اختلاف به او مراجعه می کردند و وی آنها را با گشاده رویی می پدیرفت. این مراجعات پس از انقلاب بیشتر شد.

حاجیه حانم خدیجه میردامادی در 15 مرداد 1368 بر اثر سکته قلبی در گذشت و پیکرش روز بعد رخ بر تراب تیره نهاد. آرامگاه او در حرم امام رضا (ع) در کنار شوی اش واقع است.